Фамилия Колушкина образована от имени или прозвища Колушка. В основе лежит уменьшительно-ласкательная форма от имени Николай. Греческое имя Nikolaos складывается из слов «побеждать» и «народ», то есть означает «победитель народов». На Руси имя Николай было особенно распространено благодаря почитанию Николая Чудотворца (Николая Угодника) — одного из самых любимых святых. От многочисленных производных форм этого имени — Никола, Микола, Колюня, Колушка — и пошли фамилии Никулин, Микулин, Колюнин, Колушкин.

Фамилия Колушкина — женская форма, а мужской вариант — Колушкин. В русской традиции такие фамилии на -ин указывают на принадлежность роду: «чей?» — Колушкин, то есть сын или потомок Колушки. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов или имён, оканчивающихся на -а, -я. Поэтому Колушкин стоит в одном ряду с Мининым, Пушкиным, Ильиным.

Интересно, что в некоторых говорах слово «колушка» могло иметь и самостоятельное значение — например, так называли небольшой кол, колышек или заострённую палочку. В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком по прозвищу, данному за внешность или род занятий. Однако основная и наиболее вероятная версия — происхождение от имени Николай через форму Колушка.