Фамилия Колушкин образована от имени или прозвища Колушка. В основе лежит уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Николай. Имя это греческого происхождения, от слов nika («побеждать») и laos («народ»), так что в буквальном переводе Николай — «победитель народов». На Руси имя было особенно популярно благодаря святому Николаю Чудотворцу (Николаю Угоднику), одному из самых почитаемых православных святых.

Форма Колушка возникла в народной речевой традиции: от полного Николай через ряд сокращений (Никола, Колюшка, Колуша) появился вариант Колушка. Суффикс -к- в таких именах придавал ласковый, домашний оттенок. Именно от этой обиходной формы и пошла фамилия.

Словообразовательная модель проста: к основе Колушк- добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность. Колушкин буквально означает «чей?» — сын Колушки, потомок человека по имени Колушка. Такая модель типична для восточнославянских фамилий, образованных от личных имён, прозвищ и названий профессий.

Вероятно, предки носителей фамилии жили в центральных или северных губерниях России, где имя Николай и его производные были особенно распространены. Встречаются однокоренные фамилии: Колушев, Колушин, Колушкин. Они восходят к тем же народным формам имени, но с разными суффиксами.

В написании фамилии нет вариативности: ударение падает на второй слог — Колу́шкин.