Фамилия Колыбердин — одна из тех, где споры о происхождении начинаются с первого взгляда на корень. На слух она кажется то ли искажённой иностранной, то ли прозвищной, но словообразовательная модель здесь прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Колыберд- — восходит к личному прозвищу Колыберда. Вопрос в том, что значило это прозвище.

Самая вероятная версия связывает «колыберду» с диалектным глаголом «колыбать» или «колыбаться» — качаться, шататься. В северных и сибирских говорах «колыбердой» могли называть непоседливого, неуклюжего человека, который ходит вразвалку, «колыбается» при ходьбе. Суффикс -ерд- в русских прозвищах встречается редко, но не уникален: вспомните фамилии вроде Ковердин или Шевердин, где основа тоже передаёт характерное движение или звук.

Менее убедительная, но популярная в народе гипотеза — связь с тюркскими языками. Якобы «колыберды» означает что-то вроде «оставь, брось» (от «кал» — оставайся, «бер» — дай). Однако для фамилии, закрепившейся в русской среде, такая конструкция маловероятна: тюркские заимствования обычно давали прозвища по профессии (ямщик, башмачник) или внешности, а не по случайной фразе. К тому же суффикс -ин у тюркских основ почти всегда заменялся на -ов, что видно по фамилиям вроде Колыберов.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодчине, Костромской и Нижегородской губерниям. Там же встречаются однокоренные фамилии: Колыбанов, Колыбалкин, Колыбелин. Все они образованы от той же диалектной основы, что говорит о живом прозвищном гнезде, а не о случайном заимствовании.

Сословно Колыбердины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия почти не встречается среди дворянства или духовенства — типичная «мирская» фамилия, возникшая из уличного прозвища, которое дали за манеру держаться или ходить.