Фамилия Колыбеева — женская форма, а мужская, Колыбеев, восходит к прозвищу или нецерковному имени Колыбей. Основа здесь — древнерусское слово «колыбать», то есть качать, колебать, колыхать. В говорах «колыба» или «колыбей» могло означать человека неусидчивого, вертлявого, непоседливого — того, кто всё время «колыбается». Но есть и другая, более конкретная версия: в некоторых диалектах «колыбать» значило ткать, делать колыбель, а «колыбей» — мастер, делающий люльки или зыбки. Соответственно, предок Колыбеевых мог быть столяром-колыбельщиком.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Колыбеев — сын Колыбея. Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ей. Если бы основа оканчивалась на -а, мы бы видели суффикс -ин (Колыбин), но здесь — именно -ев, что подтверждает форму Колыбей.

Фамилия редкая и локализованная. Основной ареал — центральные и северные области России, особенно Костромская и Вологодская губернии, где исторически были сильны диалектные слова «колыбать» и «колыбель». Встречается также в Поволжье, куда фамилия могла попасть с переселенцами из северных уездов.

Интересная деталь: в старых переписных книгах XVII века встречается фамилия Колыбаев, а форма Колыбеев — более поздняя, с переходом неударного «а» в «е» под влиянием «екающих» говоров. Это может говорить о том, что фамилия бытовала в среде, где говорили «колыбе́ль», а не «колыба́ль». Таким образом, написание Колыбеева — не ошибка, а отражение живой народной речи, которая со временем закрепилась в документах.

Сословно предки Колыбеевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилия не дворянская, не встречается в родословных книгах знати. Но это не умаляет её ценности: за ней стоит конкретное ремесло или бытовая характеристика, а не заимствованное имя святого.