Фамилия Колыбелин — одна из тех, чья основа на слуху, но значение угадывается не сразу. Происхождение связано с прозвищем Колыбеля, а то, в свою очередь, с существительным «колыбель» — маленькой кроваткой или корзиной для грудных детей, в которой их укачивали.

Самый прямой и вероятный путь образования фамилии — профессиональный. Прозвище Колыбеля могли дать мастеру, который делал колыбели на продажу. В крестьянском быту это был востребованный товар, и человека могли надолго «записать» по ремеслу: «Этот Колыбеля, он же колыбели ладит». Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность «сыну Колыбели» или «человеку из дома Колыбели».

Есть и вторая, менее очевидная, но тоже возможная версия. Слово «колыбель» издавна употребляется в переносном значении — родина, место, где человек родился и вырос. Если кто-то надолго уезжал из родной деревни, а потом возвращался, его могли с оттенком иронии или уважения назвать Колыбелей, то есть «тем, кто вернулся в свою колыбель». Со временем это именование закрепилось за ним и перешло к детям как фамилия.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от прозвищ на твёрдый согласный, форма Колыбелин — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, что характерно для основ, оканчивающихся на -а/-я. Такая модель была особенно распространена в северорусских говорах, где прозвища на -а (Колыбеля, Заика, Кусака) давали людям охотнее. Следовательно, географически фамилия могла зародиться в новгородских или вятских землях.

Других надёжных версий — от тюркских или финно-угорских корней — у этой фамилии нет. Всё указывает на чисто славянскую, бытовую основу.