Фамилия Колыбелкин — яркий пример того, как в основе русской фамилии может лежать не имя или профессия, а предмет из повседневного быта, связанный с уходом за детьми. Корень здесь очевиден: «колыбель» — кроватка для младенца. Суффикс «-к-» в слове «колыбелка» — уменьшительно-ласкательный, и именно от этой формы, «колыбелка», и пошла фамилия. Модель образования типична для русского севера и центра: основа на «-а» плюс суффикс притяжательного прилагательного «-ин» (чей? — колыбелкин сын). Фамилия значит «принадлежащий человеку по прозвищу Колыбелка».

Прозвище Колыбелка, скорее всего, давали не тому, кто делал колыбели (для этого было бы прозвище Колыбельщик или Колыбельников), а либо самому младшему, позднему ребенку в семье — «колыбельному», то есть тому, кого ещё качали в люльке, когда остальные дети уже выросли. Либо, по другой версии, так могли назвать человека, который любил петь колыбельные или обладал убаюкивающим, тихим голосом. Обе версии правдоподобны, но первая — про младшего сына — встречается в русской антропонимии чаще: прозвища по порядку рождения или по возрасту были распространены (Малой, Меньшой, Последыш).

В ономастических словарях фамилия не упоминается как редкая, но и не входит в сотни самых частотных. Она встречается в основном в центральных и северных областях России — там, где в диалектах сохранялась форма «колыбелка» вместо литературной «колыбель». Интересная деталь: в некоторых говорах «колыбелью» называли не только детскую кроватку, но и плетеную корзину, а также — переносно — болото или трясину (зыбкое место). Но эта параллель маловероятна для прозвища: называть человека «болотом» — случай почти исключительный, и следов такого прозвища в источниках нет.

Таким образом, предки современных Колыбелкиных — это, скорее всего, крестьяне из семей, где был младший, поздний ребенок, которого в шутку прозвали Колыбелкой. Фамилия закрепилась за его потомками. По сословному составу она почти наверняка крестьянская, а не дворянская: в родословных книгах дворянских родов она не зафиксирована.