Фамилия Колыбелкина образована от прозвища или нецерковного имени Колыбелка. В её основе лежит слово «колыбель» — детская кровать-качалка. На первый взгляд, связь проста: предка могли так прозвать за то, что он делал колыбели, то есть был столяром-краснодеревщиком, специализировавшимся на детской мебели. Однако в русских говорах у слова «колыбель» есть и переносные значения — так могли назвать младшего, позднего ребёнка, «качавшегося» в люльке дольше других, или, напротив, человека с тихим, убаюкивающим голосом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Колыбелкин — сын или потомок Колыбелки. Женская форма Колыбелкина исторически означала «жена Колыбелкина», но в современном употреблении закрепилась как фамилия по отцу.

Интересно, что фамилия не попала в число распространённых дворянских или купеческих родов: суффикс -ин чаще встречается в крестьянской и мещанской среде Северной и Центральной России. Встречаемость Колыбелкиных выше в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где плотничий промысел и изготовление домашней утвари были основным занятием.

В словаре Б. Унбегауна фамилия не упоминается, что говорит о её локальном, нестоличном характере. Встречаются однокоренные варианты — Колыбельников, Колыбельский, но Колыбелкина стоит особняком: уменьшительная форма (на -к-) выдаёт скорее прозвище, чем профессиональное название. То есть предка звали не «мастер Колыбель», а «Колыбелка» — ласково или иронично, возможно, за привычку укачивать детей или за то, что сам он был «поздним» ребёнком.

Таким образом, фамилия Колыбелкина — редкий пример того, как слово из быта превратилось в родовое имя, сохранив отпечаток деревенского уклада и семейных ролей.