Фамилия Колыбелин образована от прозвища Колыбеля, а его основа — слово «колыбель». Значение здесь двойное, и обе версии по-своему убедительны. Первая, самая прямая: предок мог заниматься изготовлением детских кроваток-качалок, то есть был мастером-колыбельщиком. Такие ремёсла в крестьянской среде нередко становились источником прозвищ, которые потом закреплялись за родом.

Вторая версия связана с переносным смыслом слова «колыбель» — родина, место рождения. В этом случае прозвище Колыбеля могли дать человеку, который вернулся в родную деревню после долгой отлучки или, наоборот, никогда её не покидал, став её живым олицетворением. Такие прозвания по месту или по связи с ним встречаются в русской ономастике не реже, чем прозвища по профессии.

Суффикс -ин указывает на типичную модель образования русских фамилий: от основы, оканчивающейся на -а/-я (Колыбеля → Колыбелин). Это значит, что фамилия означает «сын Колыбели» или «принадлежащий Колыбеле». В отличие, например, от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на согласный, -ин — одна из самых частых форм в северных и центральных регионах России.

Однокоренных фамилий в русском языке немного: Колыбельников, Колыбельский, Колыбельцев. Все они отсылают к тому же корню, но образованы разными суффиксами. «Колыбелины» среди них — одна из самых редких, что делает её особенно интересной для локальной генеалогии.

Точное время возникновения фамилии не установлено. Как и в случае с большинством крестьянских фамилий, окончательное оформление «Колыбелиных» произошло, скорее всего, не раньше XVII–XVIII веков, когда фамилии стали массово закрепляться за податными сословиями. Однако прозвище Колыбеля могло существовать и столетием-двумя раньше.