Фамилия Колыбелина — женская форма, мужская будет Колыбелин. Это относительно редкая фамилия, в основе которой лежит не профессия и не крестильное имя, а прозвище или внутрисемейное имя Колыбела. Самое простое и прямое объяснение: прозвище могли дать человеку, который пел колыбельные, укачивал детей — няньке, пестуну или отцу, много возившемуся с малышами. В северных и центральных говорах слово «колыбель» общеупотребительно, и прозвище могло закрепиться за тем, кто делал колыбели (люльки) как мастер, — такое ремесло было востребовано в каждой деревне.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Колыбелин — «сын Колыбелы» или «из рода Колыбелы». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный), форма на -ин чаще встречается в северных и центральных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Стоит отметить, что фамилия Колыбелин встречается в писцовых книгах XVII века — например, в документах по Устюжскому уезду упоминаются крестьяне Колыбелины, что подтверждает её древнее крестьянское происхождение.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «колыбать» (качать, колебать), то есть прозвище могло относиться к человеку с шаткой походкой или неуравновешенным характером. Однако первое объяснение — через колыбель и укачивание — выглядит прозрачнее и ближе к бытовой логике русских прозвищ. Сравните с однокоренными фамилиями Колыбельников, Колыбанов — все они тяготеют к одному смысловому гнезду, связанному с люлькой и детством. В современной России Колыбелины встречаются рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что типично для старой фамилии, разошедшейся по стране за несколько столетий.