Фамилия Колыбина принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища с помощью суффикса -ин. Суффикс указывал на принадлежность: Колыбина — «дочь (или жена) Колыбы». В основе лежит прозвище Колыба, и его происхождение спорно. Одна из версий связывает его с диалектным глаголом «колыбать» — колебать, качать, колыхать. В таком случае Колыбой могли прозвать человека слабого, нерешительного, с «шаткой» походкой или характером. Другая гипотеза отталкивается от слова «колыбь» — так называли форму для отливки, чаще всего пуль. Тогда прозвище мог получить литейщик или оружейник. Однако наиболее убедительной выглядит версия об украинских корнях фамилии. В украинском языке есть нарицательное «колиба» — хижина, жилище пастухов и лесорубов. Следовательно, Колыбой называли человека, жившего в лесной хижине вдали от деревни, — пастуха или лесоруба. Эта версия объясняет и географию фамилии: она встречается в регионах, граничащих с Украиной, и в южнорусских областях. Таким образом, предок носителей фамилии Колыбина, скорее всего, был нерешительным человеком, литейщиком или, что вероятнее, пастухом, жившим в лесной сторожке.