Фамилия Колыбины (в документах чаще встречается форма Колыбин) — типичный пример русской фамилии, образованной от личного прозвища. Прозвище Колыба, лёгшее в основу, не имеет однозначного толкования, и здесь открывается простор для обоснованных версий.

Первая версия связывает прозвище с диалектным глаголом «колыбать», то есть «колебать, качать, колыхать». В этом случае Колыбой могли прозвать человека нерешительного, «шаткого» в решениях или медлительного в движениях. Вторая, более конкретная гипотеза, отсылает к слову «колыбь» — форме для отливки пуль. Тогда прозвище получал литейщик или оружейник, что указывает на ремесленное происхождение предка.

Однако наиболее правдоподобной выглядит третья версия, которая выводит фамилию за пределы чисто русского ареала. Украинское нарицательное «колиба» (хижина, жилище пастухов и лесорубов) даёт совсем другую картину: Колыбой называли человека, жившего в лесной сторожке, вдали от села. В этом случае фамилия Колыбин принадлежала потомку пастуха или лесоруба, и её географические корни, скорее всего, уходят в украинские или южнорусские земли.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Колыбин, то есть сын или потомок Колыбы. Такая модель — одна из самых древних и распространённых в русской антропонимии, что делает фамилию характерным памятником славянской ономастики, где за бытовым прозвищем скрывается и характер человека, и его занятие, и уклад жизни.