Фамилия Колыбаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Колыбаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Колыбаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Колыбаев, вероятно, образована от имени Колыбай. Оно является фонетическим вариантом персидско-тюркского мужского имени Калыбай, которое означает «родинкой, имеющий родинку». Поэтому если ребенок рождался с родинкой, ему давали соответствующее имя. В исторических документах под 1468 годом упоминается казанский богатырь Колыбай, пришедший на Украину. Согласно другой, менее вероятной гипотезе, фамилия Колыбаев образована от прозвища Колыбай, в основе которого лежит глагол «колыбать», то есть «колебать, колыхать, качать». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Колыбаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Колыбаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.