Фамилия Колюшкина образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность. Буквально она означает «дочь или жена Колюшки». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Колюшка, которое, в свою очередь, является уменьшительно-ласкательной формой от слова «колючка» или от имени Николай (через форму Коля). Второй вариант встречается реже, но вполне возможен: в диалектах и просторечии Колею или Колюшкой могли называть человека по имени Николай.

Прозвище Колюшка, скорее всего, давали человеку с колким, язвительным характером — «колючему» на язык. В русских говорах слово «колюшка» имело и конкретное значение — это небольшая рыбка с острыми плавниками (трехиглая колюшка). Рыбак с таким прозвищем мог получить его за внешнее сходство с этой юркой и цепкой рыбой. Таким образом, у фамилии два равноправных источника: бытовое прозвище по характеру и профессионально-бытовое — по роду занятий или внешности.

Фамилия Колюшкина — относительно редкая. Она не встречается в крупных дворянских родословных книгах, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Наибольшее число носителей исторически фиксируется в центральных и северных губерниях России — в Ярославской, Костромской, Вологодской областях, где рыболовство и охота были распространены. В этих краях прозвища, связанные с рыбой, давали не только рыбакам, но и людям с «рыбьей» внешностью — узким лицом, маленькими глазами.

Интересно, что форма Колюшкина — исключительно женская. Мужской вариант — Колюшкин. Но в быту и документах женская форма часто закреплялась за всей семьёй, если хозяйкой дома была вдова или если фамилия передавалась по материнской линии. В современном употреблении Колюшкина встречается и как фамилия женщины, и как исходная форма в некоторых документах (например, в списках избирателей), хотя строго по правилам русского языка исходной считается мужская форма.