Фамилия Колюшкин образована от прозвища или нецерковного имени Колюшка. Скорее всего, это народная, обиходная форма канонического имени Николай (в переводе с греческого — «побеждающий народ»). На Руси имя Николай было одним из самых распространённых, поэтому неудивительно, что оно породило десятки уменьшительных вариантов: от Николая — Никула, Микула, Никольша, а от них — и Колюшка. В пользу этой версии говорит и народная традиция: «николить» означало гулять и пьянствовать в день святого Николая, а ребёнка, родившегося на Никольщину, могли в шутку назвать Колюшкой.

Впрочем, не стоит исключать и чисто прозвищное происхождение. Основой могло послужить слово «колюшка» — так в некоторых говорах называли колючий предмет, репейник или даже мелкую колючую рыбу. Прозвище Колюшка мог получить человек с острым языком, неуживчивым характером или, наоборот, тот, кто занимался ловлей и продажей рыбы.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Колюшкин, то есть сын или потомок Колюшки. Уже в XV–XVI веках такие фамилии закреплялись сначала в среде богатых людей, а затем распространились по всем сословиям. Таким образом, носитель фамилии Колюшкин — это потомок человека, которого в быту звали Колюшка, будь то крещёное имя или меткое уличное прозвище.