Фамилия Колюшникова образована от прозвища Колюшник. В основе лежит слово «колюшка» — так в русских говорах называли колючий кустарник, репейник, а также мелкую рыбку с колючими плавниками. Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ник указывал на человека по его занятию или характерному признаку, то есть Колюшник — тот, кто имеет дело с колючками, кто колючий по характеру или, возможно, занимается ловлей колюшки. Суффикс -ов- в финале фамилии — стандартный патронимический, означающий «сын Колюшника», а окончание -а — женская форма, указывающая на то, что носительница — женщина.

Самая вероятная версия — прозвище дали человеку с неуживчивым, колким нравом, «колючему» в общении. В русской ономастике такие прозвища по характеру — распространённое явление: например, Злобин, Грозин, Сердитов. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище по ремеслу. Колюшником могли называть рыбака, промышлявшего колюшкой (мелкая рыба семейства колюшковых), или бондаря, делавшего бочки для засолки этой рыбы. Однако рыбный промысел колюшки редко был основным занятием, поэтому первая версия — по характеру — убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — Архангельской, Вологодской, Ярославской областям. Там слово «колюшка» в значении «колючий куст» и «рыба» было особенно употребительно. Встречается и однокоренная фамилия Колюшкин — без суффикса -ник, что говорит о параллельном образовании от того же прозвища или от имени Колюша (уменьшительного от Николая через форму Коля).

Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков Колюшниковы фигурируют как посадские люди и крестьяне. Сословный состав не даёт оснований для громких исторических параллелей, но это типичная русская фамилия, в которой прозвище, данное предку несколько веков назад, сохранило память о его характере или занятии.