Фамилия Комалынксо — редчайший случай в русской ономастике. Она не вписывается в привычные словообразовательные модели на -ов, -ин или -ский. Её структура — Комалын-ксо — сразу выдаёт нерусское, скорее всего, финно-угорское происхождение. Судя по всему, это русифицированная форма мордовской (эрзянской или мокшанской) фамилии.

В основе лежит мордовское слово «комалын» или близкое к нему. В эрзянском языке «комаля» — это «кривой», «согнутый», а также может обозначать человека с изогнутой спиной, сутулого. Суффикс «-ксо» в мордовских языках — показатель местного падежа (инэссив), отвечающего на вопрос «где?», «в чём?». Однако в фамилиях он часто переосмысляется и становится просто фамильным окончанием, аналогичным русскому «-ов». Таким образом, Комалынксо буквально может означать «(родом) от Кривого» или «из семьи Кривого». Прозвище «Кривой» в мордовской среде давали не только за физический изъян, но и за хитрость, нечестность — как и в русской традиции.

Вероятнее всего, фамилия закрепилась в районах компактного проживания мордвы — на территории современных Мордовии, Нижегородской, Пензенской, Самарской, Ульяновской областей. Носители Комалынксо — это потомки крестьян-мордвинов, которые при получении паспортов в XIX — начале XX века получили русифицированную запись своего родового прозвания. В метрических книгах и ревизских сказках того времени фамилия могла писаться как Комалынков или Комалынкин, а «Комалынксо» — более поздняя, восстановленная или диалектная форма.

Из-за крайней редкости фамилии (в современных базах данных встречаются единичные случаи, в основном в Самарской области) её этимология не имеет широкого научного обсуждения. Споров нет: версия о мордовском происхождении от прозвища «Кривой» — единственная правдоподобная. Связывать фамилию с тюркскими корнями (например, «комал» — «сильный» в некоторых тюркских языках) не стоит — суффикс «-ксо» однозначно указывает на финно-угорскую языковую среду.