Фамилия Комари — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без суффикса. В большинстве русских фамилий на -ов/-ев или -ин корень «комар» обрастал форматом «чей?»: Комаров, Комарев, Комарихин. А здесь — чистая основа, именительный падеж множественного числа. Такая модель встречается в основном у украинских, белорусских и южнорусских фамилий (сравните: Гуляй, Непий, Крути). Это сразу указывает на регион: скорее всего, предок носителя фамилии жил на территории современной Украины или в пограничных с ней областях России, где прозвища в форме существительного не переделывали в притяжательные.

Что могло лежать в основе? Прямое значение — комары, назойливые насекомые. Прозвище Комар или Комари давали человеку маленького роста, худого, либо надоедливого и приставучего. В народе говорили: «Комар — мал, да звонок». Но есть и другая версия, связанная с ремеслом. В некоторых говорах «комарить» означало «добывать смолу» или «сидеть в лесу на варке дегтя» — работа, при которой дым и смола привлекали тучи комаров, отсюда и прозвище смолокура. Второй вариант правдоподобен в контексте западных и северных губерний, но для фамилии Комари с её суффиксальным «оголением» первичнее южное происхождение.

Интересная деталь: фамилия Комари может быть и польской (Komary). В Польше и Беларуси фамилии на -и/-ы от названий животных и птиц — обычное дело. В этом случае основа та же, но модель образования уже не прозвищная, а топонимическая: от названия села или хутора Комары. Таких топонимов на востоке Польши и в западной Беларуси десятки. Так что предки могли быть не «комариными людьми», а выходцами из деревни Комары.

Сословная принадлежность по фамилии не определяется. Комари могли быть и крестьянами, и мещанами, и шляхтой (в Речи Посполитой). Известных носителей с такой фамилией в открытых источниках немного, что подтверждает её редкость и локальный характер.