Фамилия Комарихины образована от мирского имени Комар, которое восходит к названию насекомого. Это редкий случай, когда фамилия закрепилась не в стандартной «патронимической» форме на -ов или -ин, а через «женский» вариант: сначала прозвище Комариха — жена человека по имени Комар, а уже от него фамилия Комарихин. Такая словообразовательная цепочка (мужское прозвище → прозвище жены → фамилия потомков) встречается нечасто и выдает севернорусское или сибирское происхождение: именно там были распространены фамилии на -ихин, -иных.

Само имя Комар — типичное для дохристианской славянской традиции «обережное» имя. Родители нарекали ребенка Комаром, чтобы отвести от него злых духов: считалось, что названный в честь надоедливого, но безобидного насекомого не привлечет внимания нечистой силы. С комарами связывали и хозяйственные приметы: «Много комаров — готовь коробов (плетенок под ягоду)», «Комаров нет — овса и трав не будет», «Когда появятся комары, пора сеять рожь». Так что носитель имени Комар в глазах окружающих был человеком, чье прозвище напоминало о смене сезонов и крестьянском календаре.

Строго говоря, фамилия Комарихины — не единственная в этом гнезде. Есть более частые Комаровы (от той же основы, но с суффиксом -ов) и Комарины (от прозвища Комаря). Форма на -ихин стоит особняком: она подчеркивает, что родоначальником был не просто Комар, а именно «муж Комарихи». Это указывает на то, что в быту женщину звали по мужу, а фамилию детям дали уже по материнскому прозвищу — довольно архаичная модель, сохранившаяся в северных говорах.

Точное место возникновения фамилии Комарихины сейчас установить трудно: процесс формирования фамилий шел несколько столетий, и письменные источники фиксируют такие формы в основном с XVII–XVIII веков. Однако по суффиксу можно уверенно говорить, что ядро фамилии — север России (Вологодчина, Архангельская область) и прилегающие территории Урала и Сибири, куда переселенцы принесли свой говор и обычай образовывать фамилии через «женское» прозвище.