Фамилия Комарин происходит от прозвища Комар. В основе лежит не столько само насекомое, сколько народные приметы и наблюдения, с ним связанные. У славян комар считался приметным существом: «Много комаров — готовь коробов (по ягоду); много мошек — готовь лукошек, по грибы», «Комарин нет — овса и трав не будет», «Когда появятся комары — пора сеять рожь». Прозвище Комар могли дать человеку с тонким, «писклявым» голосом, назойливому или, наоборот, мелкому и верткому.

В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: Комарин буквально означает «сын Комара» или «из семьи Комара». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (ср. Козин, Ершовин, но с другим суффиксом). Интересно, что слово «комарин» в диалектах имело и другое значение — так иногда называли разновидность дикого лука или особый сорт яблок. Если прозвище дали по растению, то фамилия могла закрепиться за огородником или садоводом.

Встречается Комарин в основном в западных и центральных областях России, а также в Беларуси и на Украине. В белорусском языке слово «камар» (комар) дало фамилию Камарын, которая в русской записи часто переходила в Комарин. Поэтому для носителей фамилии из пограничных регионов возможна и «белорусская» версия происхождения.

Есть и более редкая гипотеза: связь с топонимом Комарино — таких деревень и сёл в России несколько, особенно в Брянской и Орловской областях. В этом случае фамилия могла указывать на выходца из конкретного места. Однако прозвищная версия остаётся основной: подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано именно от личных прозвищ, а не от названий поселений.