Фамилию Комарцев стоит разбирать не с корня «комар», а с суффикса: перед нами типичная патронимическая модель на -ев. Она указывает, что основа фамилии — не прямое прозвище, а отчество, образованное от имени или прозвища Комар с помощью притяжательного суффикса -ев. Другими словами, Комарцев — это «сын Комарца». А Комарцом в свою очередь называли человека, носившего прозвище Комар.

Прозвище Комар в русской традиции имело два основных значения. Первое — переносное, по поведению или голосу: так могли назвать докучливого, назойливого человека, либо обладателя тонкого, писклявого голоса. Второе — внешнее: комарами называли людей маленького роста или худощавого телосложения. В ряде говоров «комар» означал также бойкого, вертлявого человека. Прозвище было распространённым, что подтверждается старыми документами: в XVI–XVII веках встречаются крестьяне и посадские люди с именем Комарко, Комар.

Двойной суффикс -ц и -ев — довольно редкая деталь. В массовых фамилиях на -ов/-ев обычно используется простая форма отчества (Комар → Комаров). Форма Комарцев образована от уменьшительно-уничижительной формы Комарец. В древнерусском языке суффикс -ец часто придавал слову оттенок малости или пренебрежения: «комарик», «комарёнок». Соответственно, Комарцев буквально означает «потомок маленького комара». Такая модель встречается реже, чем Комаров, и может говорить о том, что прозвище закрепилось за конкретным родом в северных или центральных областях России, где суффикс -ец в отчествах был более употребителен.

Географически фамилия Комарцев не имеет узкой привязки к одной губернии, но по данным переписей XIX–XX веков чаще встречается в Поволжье (Нижегородская, Саратовская губернии) и на Урале. Встречается также вариант Комарцов с твёрдым окончанием — это результат диалектного аканья или орфографической путаницы, когда под ударением пишут «о» вместо «е». Оба варианта восходят к одной основе.

Итог простой: предок носителя фамилии Комарцев был человеком по прозвищу Комар (или Комарко), а его сына в быту звали Комарцом («маленьким Комаром»). От этого внутрисемейного прозвания и пошла фамилия.