Фамилия Комарцова — женская форма фамилии Комарцов, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. В русских фамилиях чаще встречаются -ов/-ев, -ин, -ский, а здесь мы видим -цов. Эта модель указывает на происхождение от прозвища или имени, которое заканчивалось на -ец: Комарец, Комарцов буквально означает «сын Комарца». То есть в основе лежит не просто комар как насекомое, а уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма — Комарёк, Комарец.

Само прозвище Комар (а от него — Комарец) было широко распространено в Древней Руси. В словаре древнерусских личных имён С. Б. Веселовского упоминается несколько людей с таким прозвищем: например, крестьянин Комар (конец XV века, Новгород). Комаром могли назвать человека маленького роста, назойливого, худого или того, кто постоянно «жужжал» и надоедал. Прозвище не было оскорбительным — в дофамильную эпоху такие имена давали легко и без злого умысла, часто по внешним или поведенческим чертам.

Географически фамилия Комарцов (и Комарцова) тяготеет к южнорусским и центральным регионам: встречается в Воронежской, Тамбовской, Рязанской областях. Это косвенно подтверждает, что основа могла быть связана с местным говором — в южных говорах слово «комар» произносилось твёрже, а суффикс -ец давал форму «комарец», что и закрепилось в фамилии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Комаров, Комарев, Комарь — Комарцов стоит особняком. Комаров — самая частая, образована от простого прозвища Комар. Комарцов же указывает на более конкретное прозвище в уменьшительной форме, что делает фамилию более редкой и, возможно, более древней по типу образования. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Комарцов, но дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — предки, скорее всего, были из крестьян или мещан.

В современном написании фамилия устойчива: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Комарцо́ва, хотя в говорах могло смещаться. Вариант Комарцева (через «е») тоже возможен, но менее распространён и указывает на иную диалектную основу.