Фамилия Комаров входит в сотню самых распространённых русских фамилий, и её происхождение не так однозначно, как может показаться. Основная версия — от мирского имени или прозвища Комар. На Руси до появления массовых христианских имён ребёнка могли назвать Комаром, веря, что природа примет его как своего и наделит качествами этого насекомого. Позже прозвище закрепилось за взрослым человеком: невысокого роста, худощавого, с тонким голосом или назойливого. Модель образования проста и типична: к основе «Комар» добавили патронимический суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?» — «сын Комара»). С XV–XVI веков такие именования начали передаваться по наследству в среде обеспеченных и влиятельных людей, так и возникла фамилия Комаров.

Другая версия ведёт к татарским корням. У татар фамилия Комаров могла образоваться от мужского имени Камар арабского происхождения. В переводе это «месяц, лунный», а в переносном смысле — «лучистый, светлый, красивый, как месяц». Русское ухо переиначило имя в знакомое «Комар», а суффикс -ов адаптировал фамилию под славянский лад.

Исторические документы фиксируют родственные именования уже с XV века: своеземец Дмитр Комаров (1498 год), браславский земянин Комар Борис (1552 год). Среди дворянских родов Комаровых есть несколько ветвей, и одна из них древнейшая, внесённая во II часть родословных книг Воронежской и Витебской губерний. Основатель этого рода, Никита Комаров, подписал грамоту Москвы с Тверью ещё при Иване III. При Иване Грозном Комаровы держали сторону земщины, выступая против опричнины. Один из братьев Комаровых не выдержал противостояния, ушёл в Литву и стал графом Комаровским. Андрей Комаров входил в число первых дворян, отправленных Петром I учиться за границу.

Другой род Комаровых ведёт начало от Афанасия Комарова, который вступил в службу в 1769 году, а в 1787 году стал обер-секретарём Адмиралтейской коллегии. В 1790 году он получил диплом на потомственное дворянство. Герб этого рода внесён в Часть I «Общего гербовника дворянских родов Всероссийской империи»: щит разделён вертикально на две части. В правой, золотой, — грушевое дерево с плодами; в левой, серебряной, — несколько комаров. Щит увенчан дворянским шлемом со страусовыми перьями, намёт серебряный с зелёной подкладкой.

Среди известных носителей — братья Виссарион и Владимир Комаровы, герои Отечественной войны 1812 года и взятия Парижа. Сын Виссариона Константин (1832 года рождения) дослужился до генерал-лейтенанта и коменданта варшавской крепости. Александр Виссарионович Комаров (1823–1904) — генерал, участник Кавказской войны и Туркестанских походов. Николай Васильевич Комаров (1831–?) — прапорщик русской армии, основатель города Владивосток. Владимир Леонтьевич Комаров (1869–1945) — советский ботаник, географ и президент Академии Наук СССР.

С комарами на Руси было связано много примет, что косвенно говорит о том, насколько это насекомое было заметно в быту: «Много комаров — готовь коробов (плетёнок по ягоду); много мошек — готовь лукошки по грибы», «Комара нет — овса и трав не будет», «Когда появятся комары, пора сеять рожь». Фамилия Комаров — один из ярких примеров того, как простое прозвище, данное по внешности или поведению, стало основой для одной из самых частых русских фамилий.