Фамилия Комарева — женская форма фамилии Комарев, которая образована от прозвища или мирского имени Комар. В русской традиции прозвища, данные по названиям насекомых, встречались нередко: Комар, Жук, Муха, Оса. Такое имя могли дать человеку за назойливость, неугомонность, худобу или высокий голос — в народе говорили «комаром вьется», «комаром пищит». В некоторых случаях Комаром называли младенца в качестве оберега: считалось, что злые духи не позарятся на «мелкую» и «незначительную» душу.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Комарев — буквально «сын Комара» или «из семьи Комара». Это типичная патронимическая модель для центральных и северных русских земель, где фамилии на -ов/-ев вытеснили более ранние формы. Интересно, что фамилия Комарев встречается и с ударением на последний слог (Комарев), и на первый (Комарев), что может говорить о разных очагах возникновения.

В писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Комар, например, Комар Федоров, крестьянин из новгородских земель (около 1550 года). Однако фамилия Комарев в документах фиксируется позже, в основном с XVIII века, в среде государственных крестьян и однодворцев. Географически она тяготеет к центральным областям России: Тверской, Ярославской, Костромской губерниям. Встречается и в украинском варианте Комарева, где ударение чаще падает на второй слог, но это уже отдельная ветвь.

Редкий, но возможный вариант происхождения — от топонима Комарево. Такие названия деревень и сел (Комарево, Комаровка) рассыпаны по всей России, от Псковщины до Сибири. В этом случае фамилия означает «выходец из Комарева», и тогда ее носитель мог не иметь предка по прозвищу Комар, а просто получить фамилию по месту жительства. Различить эти два источника без генеалогического исследования конкретной семьи невозможно, но прозвищная версия считается основной.