Фамилия Комарцов — одна из тех, где ясна основа, но неочевидна модель образования. Исходное слово — «комар», но суффикс «-цов» заставляет задуматься. В русских фамилиях чаще встречается «-ов» (Комаров) или «-ев» (Комарев). «-цов» — редкий вариант, указывающий на притяжательную форму от прозвища Комар, но с патронимическим суффиксом, характерным для северных и центральных говоров. Если бы фамилия образовалась от крестильного имени (в святцах такого нет), она выглядела бы иначе. Значит, в основе — прозвище Комар, которое давали невысокому, худому или назойливому человеку. В старину комарами дразнили и тех, кто часто жаловался, «пищал». Фамилия Комарцов означает «сын (потомок) Комара» или «принадлежащий Комарцу» — причём Комарцом могли звать самого носителя прозвища, а суффикс «-ов» уже добавили его детям.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: Комарцов могло быть прозвищем от слова «комарцы» — так в некоторых регионах называли жителей определённой местности или ремесленников, делавших комариные сетки. Однако прямых документальных подтверждений этому нет. В ономастических трудах Б. Унбегауна эта фамилия не упоминается, что говорит о её редкости. Поиск по базам показывает, что Комарцовы встречаются в Вологодской, Костромской и Архангельской областях — то есть на территории, где исторически был развит промысел рыбы и леса, а комаров в избытке. Это косвенно подтверждает, что прозвище могли дать по внешности или поведению, а не по профессии.

Интересная деталь: в переписных книгах XVII века встречаются формы «Комар» и «Комарец» как личные имена-прозвища. Фамилия Комарцов, скорее всего, возникла именно от «Комарец» путём прибавления «-ов», где конечное «-ец» перешло в «-ц-» перед суффиксом. Это типично для русской антропонимии: ср. Кузнецов (от Кузнец) или Гончаров (от Гончар), но здесь исходная форма — не профессия, а прозвище. Если бы предка звали Комаром, мы бы имели фамилию Комаров. Комарцов же — более редкий вариант, указывающий на то, что в основе лежало уменьшительное или презрительное «Комарцо» (ср. «парнишко» — «парнишков»). Это могло быть прозвище младшего сына или человека невысокого роста. Таким образом, фамилия Комарцов — не просто «комариная», а с оттенком уменьшительности или пренебрежения, что делает её уникальной среди однокоренных.