Фамилия Комайданов — одна из тех, где корень сразу бросается в глаза, но точное значение ускользает. На слух она напоминает слово «комайда» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли неуклюжего, неловкого человека или того, кто делает всё шиворот-навыворот. Прозвище Комайда мог получить либо нерасторопный работник, либо, наоборот, человек с причудами, которого за глаза дразнили за странную походку или манеру поведения.

Версия с «командой» или «командиром» напрашивается, но лингвистически она слабее. Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ов: Комайданов — сын или потомок Комайды. Если бы в основе лежало слово «команда», мы бы скорее увидели форму Командов или Командин. Кроме того, в письменных источниках XIX века встречаются однозначные прозвища Комайда, что подтверждает бытовое, а не «военное» происхождение.

Регионально фамилия редкая и тяготеет к областям, где были сильны украинское и южнорусское влияние: Курская, Воронежская, Ростовская губернии. Встречается она и у казаков, что неудивительно — прозвищные фамилии на -айда (Ковыряйда, Крутийда) были распространены в казачьей среде.

Словообразовательная модель проста: основа Комайд- + суффикс -ан (как в прозвищах Гуляйда, Шарпайда) образовывала имя-прозвище, а уже от неё через -ов пошла фамилия. Никакой экзотики вроде тюркских или финно-угорских корней здесь нет — это чисто славянская, диалектная история, завязанная на метком народном словце.