Фамилия Комиссаров образована от прозвища или должности предка — комиссара. В старину комиссаром называли чиновника, которому давалось ответственное поручение, то есть «комиссия». Такие должностные лица встречаются даже в произведении Н.В.Гоголя «Вечера на хуторе близ Диканьки», что подчёркивает давнее бытование этого слова в русской речи. Слово попало в русский язык через польское komisarz или немецкое Kommissar, а те, в свою очередь, восходят к латинскому commissarius — «уполномоченный». В России XVII–XVIII веков комиссары ведали самыми разными делами: от сбора налогов и снабжения армии до судебных и полицейских функций. Потомка такого человека, обладающего прозвищем Комиссар, со временем стали записывать как Комиссаров.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын комиссара). Интересно, что в старых документах фамилию могли писать через одно «с» — Комисаров, и этот вариант встречается до сих пор. Обе формы считаются корректными, хотя современная норма закрепила двойное «с». Географически фамилия распространена повсеместно, но чаще встречается в центральных и южных регионах России, что связано с развитием административного аппарата в этих областях. В отличие от многих «профессиональных» фамилий, образованных от названий ремёсел (Кузнецов, Плотников), Комиссаров — это фамилия от должности, причём не самой низкой: комиссар был человеком с властью и доверием.