Фамилия Комнино звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. В русской ономастике фамилии, оканчивающиеся на -о, обычно имеют украинское, белорусское или польское происхождение (суффикс -енко, -ко, -ило). Но Комнино — не из этого ряда: ударение, скорее всего, падает на второй слог (Комни́но), а сама основа выдает южноевропейский, конкретнее — греческий след.

Корень фамилии восходит к знаменитой византийской династии Комнинов (греч. Κομνηνός). Эта императорская фамилия правила в Византии в XI–XII веках, а после падения Константинополя в 1453 году многие представители рода бежали на Запад, в том числе в Италию, где основали Трапезундскую империю. Фамилия Комнино — это, скорее всего, итальянизированная или русифицированная форма от греческого «Комнинос». Окончание -о характерно для южноитальянских диалектов: там греческие фамилии нередко теряли окончание -ос и приобретали -о. Так что носитель фамилии Комнино — потомок греческих эмигрантов, осевших в Италии, или же греков, переселившихся в Россию (например, в Причерноморье или на юг Украины) в XVIII–XIX веках.

В русском контексте фамилия редкая. Она могла появиться у греческих купцов, моряков или священников, которые перебрались в Российскую империю при Екатерине II, когда активно заселяли Новороссию. В документах такие фамилии часто записывали на слух, без строгой греческой транслитерации, поэтому Комнино — один из вариантов наряду с Комниновым или Комниным. Суффикса -ов или -ин здесь нет, значит, фамилия не прошла полную русификацию и сохранила «иностранный» облик — верный признак того, что предки были не крестьянами, а либо духовенством, либо городскими жителями (мещанами, купцами).

Если копнуть глубже, возможна и более прозаичная версия: в некоторых говорах русского севера слово «комнино» могло быть искажением от «комнатный» или «комель» (часть дерева), но это маловероятно — слишком уж фамилия напоминает известную историческую династию. В любом случае, для русского уха она звучит как «иностранная», и её носители, скорее всего, имеют прямое или косвенное отношение к греческой диаспоре.