Фамилия Комогоркина — женская форма фамилии Комогоркин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. У этой фамилии редкая и прозрачная основа, которая сразу выдаёт занятие предка. Слово «комогор» — диалектное, в основном встречавшееся в северных и сибирских говорах. Им называли человека, который «комы горает», то есть жжёт древесный уголь особым способом — в кучах (комах) или, по другой версии, в «комягах» (выдолбленных колодах). Это была тяжёлая и грязная работа: углежоги заготавливали древесный уголь для кузниц, плавильных печей и домашних горнов.

Суффикс -ин в фамилии Комогоркин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или работник Комогора. Такая модель (основа прозвища + -ин) типична для фамилий, образованных от названий профессий или личных прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Сравните: Кожемяка — Кожемякин, Молчак — Молчакин. Здесь же прозвище Комогор (человек, занятый комогорным делом) дало фамилию Комогоркин.

В письменных источниках фамилия встречается крайне редко. Её можно считать «географически привязанной»: наибольшее число носителей, судя по современным данным, сосредоточено в Кировской области и в Пермском крае — регионах старого уральского и вятского углежжения. Это подтверждает версию о ремесленном происхождении: предки Комогоркиных были мастерами по выжигу угля, без которого в те времена не работал ни один кузнечный горн.

Есть и более простая, но менее вероятная версия: от слова «ком» (комок, сгусток) и глагола «гореть» — прозвище могли дать человеку с обгоревшей или обожжённой одеждой. Однако она не объясняет суффикс -огор, который чётко указывает на профессиональный термин. Таким образом, фамилия Комогоркина — редкий пример, когда прозвище предка сохранило название почти забытого промысла, и в ней, в отличие от многих фамилий-загадок, исходное значение восстанавливается без натяжек.