Фамилия Комагоркин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, собранное из двух корней. Первая часть, «комаг-», скорее всего, восходит к слову «комага» — так в некоторых русских говорах называли комара, мошку или гнуса. Вторая часть, «-орк-», может быть диалектным вариантом слова «орка» (соха, плуг) или глагольной формой «оркать» (кричать, звать). Таким образом, прозвище Комагорка могло означать либо «крикун, что звенит как комар», либо, что правдоподобнее, человека, который пахал землю в местах, кишащих гнусом, — «пахарь среди комаров».

Суффикс -ин в фамилии Комагоркин указывает на принадлежность: «чей?» — Комагоркин, то есть сын или потомок Комагорки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по отцу (Иван — Иванов), форма на -ин могла закрепляться за прозвищем, которое уже было в ходу у односельчан.

Поскольку фамилия крайне редкая, её географическая привязка неочевидна, но можно предположить севернорусское или вологодское происхождение. В этих краях слово «комага» в значении «комар» фиксируется в диалектах, а прозвища, связанные с тяжелым крестьянским трудом и природными условиями, были обычным делом. В отличие от «Комаровых» или «Комаринских», которые встречаются повсеместно, Комагоркин сохранил более архаичную и локальную основу.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от тюркского «комак» (помощь) или «комур» (уголь) с последующим искажением. Но она слабая, так как суффикс -ин и типично русское окончание указывают на славянскую почву, а не на заимствование. Скорее всего, предок носителя этой фамилии был крестьянином или ремесленником, получившим меткое уличное прозвище за голос, манеру поведения или место жительства — в комарином краю.