Фамилия Комагоров — редкий случай, когда географическое название становится основой для фамилии, но не напрямую, а через прозвище. В основе лежит слово «комагор» — так в некоторых русских говорах, особенно на Севере и в Сибири, называли комара. Однако прямиком к насекомому это не ведёт: «комагор» могло быть прозвищем человека маленького роста, назойливого или того, кто жил в болотистой, «комариной» местности. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Комагоров — сын Комагора.

Модель образования — типичная для русских фамилий: прозвище на -гор, которое звучит как сложное слово, но на деле является диалектным вариантом. Второй элемент -гор здесь не «гора», а искажённое или переосмысленное окончание, как в фамилиях Кумагоров, Комаров. Связь с «горой» маловероятна: для фамилий с корнем «гор» обычно берут прозвища вроде Горемыка или Гора, а «Комагора» как «комар+гора» — натяжка.

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, но с некоторым тяготением к южнорусским областям и Уралу. В ревизских сказках и переписях XIX века её носители — чаще крестьяне или мещане, никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это говорит о том, что предки были простыми людьми, чьё прозвище закрепилось в документах.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не упоминает Комагорова, но по аналогии с фамилией Комаров и её диалектными вариантами (вроде Комарихин) можно уверенно говорить, что исходное слово — «комар» в местном произношении. Вариант написания с «о» во втором слоге (Комагоров, а не Комогоров) поддерживает версию о диалектном «комагор»: в говорах часто меняли «а» и «о» в безударной позиции, но здесь ударение, скорее всего, падает на третий слог — Комаго́ров.

Сравните с однокоренными фамилиями: Комаров — самая частотная, Комарицкий — польского или украинского происхождения, а Комагоров — именно русская, с характерным северным или сибирским оттенком. Если ваш предок носил такое прозвище, он мог быть невысоким, жить у реки или леса, где комаров было много, или просто иметь въедливый характер — в любом случае, фамилия запоминающаяся и нестандартная.