Фамилия Комадоров — редкий случай, когда за привычной русской фамильной формой стоит неочевидная, почти забытая основа. На первый взгляд, она напоминает фамилии от названий насекомых (Комаров, Жуков, Мухин), но здесь корень иной. Фамилию образовали от прозвища Комадор. Это слово — искажённое «командор», которое в народной речи звучало как «комадор» или «комодор». В XVIII–XIX веках так могли называть не только морского офицера (командора флота), но и управляющего имением, распорядителя на барской усадьбе, а также выборное лицо в казачьих или крестьянских общинах. В некоторых говорах «комадором» иронично величали бойкого, властного или суетливого человека, который любил всеми командовать.

Суффикс -ов указывает на типичную для восточнославянских фамилий модель принадлежности: сын Комадора. Такие фамилии закрепились в основном в XVI–XVII веках, когда прозвище отца переходило к детям как наследственное имя. Судя по географическому распространению, фамилия Комадоров встречается в Поволжье и на юге России — в областях, где были сильны казачьи традиции и где слово «командор» могло бытовать в быту.

В официальных документах фамилия могла записываться и как Комодоров — с буквой «о» во втором слоге, что отражает народное произношение. Однокоренная фамилия Командоров встречается реже и, как правило, фиксирует более книжный, неискажённый вариант прозвища. Таким образом, предки носителей фамилии Комадоров, скорее всего, не имели отношения ни к комарам, ни к военным чинам — их родоначальник был заметным человеком в своей среде: либо занимал должность распорядителя, либо получил прозвище за характер.