Фамилия Комагоровы — один из тех случаев, когда географическое прозвище предка надёжнее объясняет происхождение, чем попытки вывести её из нарицательных слов. В основе, скорее всего, лежит название населённого пункта Комагоры или Комагары. Такие топонимы встречаются в северных и центральных областях России — например, деревня Комагоры есть в Архангельской области, а похожие названия фиксируются в бывших новгородских землях. Слово «гора» в таких составных названиях часто указывало не на высокую возвышенность, а на сухое, возвышенное место среди болот или на берегу реки. Первая часть «кома-» может быть искажённым диалектным словом или личным именем (вроде Кома, уменьшительного от Максим или Евдоким), а может восходить к финно-угорскому субстрату, где «кома» означало «медведь» — для Русского Севера это обычное дело.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), а окончание -ы — на множественное число, то есть на целый род или семейство. Первоначально Комагоровыми называли крестьян или посадских людей, которые жили в деревне Комагоры, а потом, при переезде в другие места, за ними закрепилось прозвище по прежнему месту жительства. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии часто писали через «а»: Комагаровы — это могло отражать местное произношение (аканье). Форма с «о» во втором слоге закрепилась позже, под влиянием книжного написания.

В отличие от фамилий, образованных от профессий или имён, Комагоровы не дают прямой подсказки о роде занятий предка. Зато они чётко указывают на его корни: предки этих людей жили на севере или северо-западе России, в зоне смешанного славяно-финского населения. Фамилия редкая, не попавшая в массовые списки дворянских или купеческих родов, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Комаровы, но здесь связь не прямая: Комаров — от прозвища Комар, а Комагоров — от названия места. Смешивать их не стоит.