Фамилия Комрачков образована от прозвища или мирского имени Комрачок. В основе лежит диалектное слово «комрачок» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли небольшой ком, кусочек чего-либо, или же, в переносном смысле, невысокого, коренастого человека. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: Комрачков — сын Комрачка, потомок человека с таким прозвищем.

Слово «комрачок» могло иметь и другое, более конкретное значение. В говорах Воронежской и Курской областей «комрачком» называли копну сена или небольшой стожок. В этом случае прозвище мог получить крестьянин, занимавшийся сенокосом, или человек, который жил на хуторе, где ставили такие копны. Фамилия, скорее всего, зародилась в среде чернозёмных губерний, где был распространён этот диалектизм.

Менее вероятна, но допустима связь с тюркским словом «комра» (тёмный, мрачный) или «комур» (уголь). Однако фонетически форма «Комрачков» ближе к славянской модели с уменьшительным суффиксом -ок, чем к прямым тюркским заимствованиям, поэтому версия с диалектным русским прозвищем остаётся основной.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых. Встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в украинском пограничье. Вариант написания с буквой «о» в первом слоге устойчив, хотя в старых метрических книгах можно найти случайное написание «Камрачков» — под влиянием слова «камрад» (товарищ), но это уже вторичное осмысление, не имеющее отношения к происхождению.