Фамилия Комрачкова — женская форма фамилии Комрачков. В основе, скорее всего, лежит прозвище Комрачок, которое могло быть образовано от древнерусского слова «комрак» — так в некоторых говорах называли комара или мошку. Если принять эту версию, прозвище давали либо человеку с тонким, «писклявым» голосом, либо назойливому, надоедливому — по поведению. В ономастике это типичный случай, когда фамилия произошла от обиходного, бытового прозвища, а не от крестильного имени.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным «комрачиться» — хмуриться, быть пасмурным. Тогда Комрачок — угрюмый человек. Эта гипотеза слабее, так как глагол встречается реже, чем название насекомого, и не дал массовых прозвищ.

Суффикс -ов в мужской форме указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — сын или потомок Комрачка. Фамилия могла закрепиться в центральных и южных губерниях России, где слово «комрак» в значении «комар» фиксируется диалектологами. Встречаются и однокоренные фамилии — Комраков, Комрач, Комрачев, что подтверждает живую народную основу.

Сословная принадлежность носителей не реконструируется однозначно: Комрачковы могли быть и крестьянами, и мещанами. Фамилия недворянская, не попала в родословные книги, но это не редкость для прозвищных фамилий. В современной России Комрачковы встречаются в основном в Волгоградской, Ростовской областях и на Кубани — там, где южные говоры сохранили слово «комрак».