Фамилия Комушев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или имени, которое в основе своей имеет тюркский корень «комуш» (или «кюмюш»), что в переводе с многих тюркских языков означает «серебро». В таком случае прозвище Кому́ш могли дать либо человеку со светлыми, как серебро, волосами, либо тому, кто занимался обработкой серебра, — ювелиру, монетчику. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Комушев — сын или потомок Комуша.

Есть и другая, менее очевидная версия, связанная с мордовскими языками. В эрзянском и мокшанском есть слово «кому» (или близкое по звучанию), обозначающее корягу или сучковатое дерево. В этом случае прозвище могло характеризовать человека коренастого, крепкого или, напротив, угловатого, неуклюжего. Однако тюркская версия выглядит правдоподобнее, учитывая широкое распространение подобных антропонимов в Поволжье и на Урале.

Географически фамилия Комушев встречается в основном среди татар, башкир, а также в смешанных русско-тюркских регионах — в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане. Это указывает на то, что предки носителей фамилии могли жить на границе русского и степного миров, где тюркские прозвища легко переходили в русские фамилии через добавление суффикса.

В написании фамилии возможны варианты: Комушев, Кюмушев, Комышев. Последний вариант иногда путают с фамилией Комышев, образованной от названия растения комыш (камыш), но это другая этимология. Для Комушева связь с «камышом» маловероятна из-за разницы в гласных и ударении.

Сословно Комушевы, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми людьми (например, толмачами или казаками), так как тюркские корни в фамилии часто указывают на смешанное происхождение предков. Точных данных о дворянских родах с такой фамилией нет.