Фамилия Коначенкова — женская форма от Коначенков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Конач. Основа здесь — нестандартный суффикс -енк-, который в русских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов/-ев или -ин. Этот суффикс характерен для украинской и белорусской ономастики: в восточнославянской традиции -енко обычно указывает на потомка («чей?» — Коначенко, то есть «сын Конача»). Однако фамилия на -ков, а не на -ко, подсказывает, что носитель прошёл русификацию: исходное украинское Коначенко при переносе в русскую среду обросло типичным русским окончанием -ов, закрепившись как Коначенков.

Что касается самого имени Конач, тут возможны два объяснения. Первое — это сокращённая форма от крестильного имени Конон (греч. «трудящийся»). В русских говорах имена часто усекали: Конон — Кона — Конач, с добавлением уменьшительного суффита -ач (как Терентий — Терёша — Терёха). Второй вариант — прозвище от диалектного глагола «конать» или «конаться», что означало «кончать», «завершать», а также «бросать жребий», «тянуть кон». В этом случае Коначем могли прозвать человека, который часто завершал дела, подводил итоги, или, напротив, того, кто любил спорить и «конаться» (тянуть жребий) в играх.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Курской, Белгородской и Воронежской областях — зонах исторического смешения великорусского и малороссийского населения. Там же распространены однокоренные варианты: Коначенко (без русификации), Коначёв, Конашков. В отличие от массовых фамилий, Коначенков сохраняет отчётливый след украинской словообразовательной модели, что делает её хорошим маркером миграционных процессов: предки носителя, скорее всего, переселились с территории современной Украины в Россию в XVII–XIX веках, а их фамилию адаптировали под местные стандарты.