Фамилия Конголидис — редкий для России пример фамилии греческого происхождения, которая сохранила свою исконную форму и не была русифицирована. В отличие от большинства греческих фамилий, оканчивающихся на -опулос, -идис или -акис, эта фамилия имеет чёткую словообразовательную модель, типичную для понтийских греков.

Основа фамилии — Конгол (Κογκόλ) — скорее всего, восходит к турецкому слову kongöl, что означает «глубокий овраг» или «ущелье». В греческом языке это слово закрепилось как топонимическое прозвище: так могли назвать человека, жившего у оврага, в лощине или в гористой местности. Суффикс -ίδης (-идис) — один из самых распространённых в греческой ономастике, он означает «сын» или «потомок». Таким образом, Конголидис — это «сын (потомок) того, кто живёт у оврага».

Фамилия могла возникнуть в среде понтийских греков, которые после геноцида 1910–1920-х годов переселились из Малой Азии (современная Турция) в Грецию, а затем, в ходе нескольких волн эмиграции, — в Россию и СССР. В советских документах фамилию часто записывали на слух, поэтому встречаются варианты Конголиди, Конголидзе (под влиянием грузинского окончания) или даже Конгольдис. Однако исходная форма с -ис на конце — строго греческая, и её сохранение указывает на то, что носители дорожили своим происхождением.

В России фамилия Конголидис встречается крайне редко, в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и крупных городах, где были греческие общины. В отличие от фамилий на -ов или -ин, она не меняется по падежам, что иногда создаёт трудности в русском делопроизводстве. Тем не менее, для этимолога это ценный маркер: по суффиксу можно безошибочно определить, что предки носителя — понтийские греки, а не, скажем, афиняне или критяне, у которых преобладали бы окончания -акос или -пулос.