Фамилия Конгожина — редкая, и её разбор требует внимания к составу, а не к географии, которая почти не изучена. Основа здесь — «Конгожа». Это не русское слово, и не тюркское в привычном виде. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое восходит к калмыцкому или монгольскому корню «конг» (кунг) — «человек, слуга, работник» или «цвет» (в значении «бурый, тёмный»). Вторая часть «-ожа» может быть адаптированным монгольским суффиксальным элементом или искажением при записи в русских документах. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Конгожин, то есть сын или потомок Конгожи. Модель типична для русских фамилий, но сама основа — явно заимствованная, что говорит о контактах русского населения с кочевыми народами, вероятно, в Поволжье или на южных границах.

Если отталкиваться от возможного значения «слуга» или «работник», то предок Конгожиных мог быть человеком, который находился в услужении, или же прозвище закрепилось за ним по внешнему признаку (смуглый, темноволосый). Однако есть и другая версия: «Конгожа» может быть искажённым вариантом тюркского имени «Кунгужа» (от «кун» — солнце, день), но это менее вероятно из-за отсутствия подтверждений в ономастических справочниках. В словарях Б. Унбегауна или В. Никонова фамилия не упоминается, что подтверждает её локальный, а не массовый характер.

С точки зрения социального контекста, фамилии с нерусской основой и русским суффиксом «-ин» часто получали крещёные инородцы или люди, перешедшие в оседлый образ жизни. Конгожины могли быть из числа калмыков, башкир или казахов, которые в XVII–XIX веках попадали в русские переписные книги и получали фамилии по имени отца. Написание с буквой «о» в первом слоге — это, вероятно, результат аканья или ошибки писаря, так как в исходном языке гласная могла быть редуцированной. Таким образом, фамилия Конгожина хранит след межэтнического смешения, и её носители могли жить в Астраханской губернии, на Урале или в степных районах, где кочевые и славянские группы соседствовали веками.