Фамилия Конофенов — редкий случай, когда на стыке имени и суффикса возникла неожиданная путаница в произношении, закрепившаяся на письме. Основа здесь — каноническое мужское имя Конон (от греческого «трудящийся», «трудолюбивый»). В русской традиции от него образовали фамилию Кононов — самую частую и прямую. Но в некоторых говорах, особенно в южнорусских и украинских, имя Конон произносили с протетическим «ф» на месте слабого губного звука: Конон превращался в Конофан или Конофон. Причина — в диалектной привычке заменять или усиливать звук «н» перед гласным, чтобы избежать зияния (стечения гласных) или просто по аналогии с греческими именами на «-фон» (как Ксенофонт). Так появилось прозвище Конофан, а от него — фамилия Конофенов.

Модель образования стандартна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Конофана). Но если бы основа звучала как Конон, мы бы получили Кононов. Различие в одной букве — результат живой устной речи, а не книжного написания. Фамилия Конофенов географически привязана к регионам, где аканье и фрикативное «г» соседствовали с такой фонетической заменой: это юг России, Поволжье, частично Белгородская и Воронежская области. В переписях XIX века её могли записать и как Конофанов, и как Канафенов — единого стандарта не было, пока паспортная система не закрепила один вариант.

С точки зрения словообразования, Конофенов стоит в одном ряду с фамилиями-дублетами: например, Агафонов (от Агафон, а не от Агафан) или Поликарпов (от Поликарп, а не от Поликарп). Но здесь случай обратный: не имя с «ф» упростили до «н», а наоборот — «н» усилили до «ф». Это редкая черта, которая сразу выдает носителя фамилии из определенной диалектной зоны. Социальный состав предков мог быть любым: крестьяне, мещане, однодворцы. Фамилия не дворянская (нет суффикса -ский), но и не указывает на низшее сословие — просто фиксирует прозвище по имени отца.

Если искать однокоренные варианты, то Кононов — «старший брат» этой фамилии, а Конофенов — его диалектный «младший родственник». Встречается также написание Конофанов (с ударением на второй слог), но форма на -енов встречается реже и потому более показательна для локальной традиции. Точных данных о численности носителей нет, но в базах современных российских фамилий Конофенов встречается единично, что подтверждает его редкость.