Фамилия Конофеев — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе неожиданный поворот. На слух она кажется производной от «конопля» (конопля → Конофей), и это первое, что приходит в голову. Однако в русской ономастике закрепилась иная, более аргументированная версия.

Скорее всего, в основе лежит не растение, а крестильное имя. Конофеев — это русифицированная форма от канонического имени Конон (греч. Konon, предположительно от «konos» — шишка, или от «koneo» — трудиться). В народном произношении имя Конон превращалось в Кононка, Коноша, а могло дать и форму Конофей — через озвончение «н» в «нф» под влиянием диалектов или просто как вариант упрощения. Суффикс -еев указывает на патронимическую модель: Конофеев — «сын Конофея».

Версия с «коноплёй» слабее по двум причинам. Во-первых, слово «конопля» давало бы фамилии вроде Коноплёв, Коноплин, а форма «Конофей» для прозвища от конопли нехарактерна. Во-вторых, имя Конон было распространено в крестьянской и мещанской среде, особенно в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -еев от имён на -ей (Тимофей → Тимофеев, Андрей → Андреев) — типовая модель.

Интересна и географическая привязка. Фамилия Конофеев встречается в основном на Русском Севере и в Поволжье, что совпадает с ареалом почитания святого Конона Исаврийского, память которого приходится на 18 марта (5 марта по старому стилю). В этих краях имя Конон было особенно частым, отсюда и множество производных фамилий — Кононов, Кононихин, а также редкая форма Конофеев.

Таким образом, предок носителя фамилии Конофеев с высокой вероятностью был человеком по имени Конон (в народной форме Конофей). Никакого отношения к конопле, несмотря на созвучие, эта фамилия, скорее всего, не имеет. Это редкий пример того, как церковное имя, пройдя через живую народную речь, приобрело неожиданный звуковой облик.