Фамилия Конофьяев — один из тех случаев, когда написание может сбить с толку, но словообразовательная модель выдает происхождение сразу. В основе лежит суффикс -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или, реже, на йот. Корень здесь — Конофья, что является адаптированной формой церковного имени Конон (от греческого «конос» — конус, или, по другой версии, «конон» — трудящийся). Имя Конон было известно на Руси, но встречалось нечасто, в основном в среде духовенства или в купеческих семьях, где чтили святого мученика Конона.

Интереснее здесь суффикс -ья. В русской ономастике он редок и указывает на украинское или южнорусское влияние. Обычно фамилии на -ья (вроде Матвеев — от Матвей, или Тимофеев — от Тимофей) образуются от полных форм имени, но Конофьяев — это явно результат народного произношения. В говорах имя Конон могли переделать в Конофья (с заменой конечного -н на -фья, что характерно для южных диалектов, где путали «ф» и «хв»). То есть Конофьяев — это «сын Конофьи», то есть сын человека, которого в быту звали Конофья вместо канонического Конон.

Географически фамилия привязана к зоне южновеликорусских говоров (Курская, Орловская, Тамбовская губернии) и, возможно, к украинскому Левобережью. Встречается она редко, что косвенно подтверждает её локальный характер. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды — в дворянских родословных книгах Конофьяевы не значатся. В XIX веке такое написание могло закрепиться из-за ошибки писаря, который записал прозвище на слух: вместо «Кононов» или «Кононьев» получился Конофьяев.

Версия о связи с тюркским корнем (например, от «кон» — кровь, или «кой» — овца) маловероятна: суффикс -ья и конечное -ев однозначно указывают на славянскую патронимическую модель. Если же допустить, что основа — прозвище Конофей (от «конофей» — так в некоторых говорах называли конокрада или бродягу), то фамилия приобретает уже не церковный, а мирской оттенок. Но более правдоподобно, что Конофьяев — это всё же вариант от имени Конон, переосмысленный народной этимологией.