Фамилия Конофьева — женская форма мужской фамилии Конофьев, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В ней нет привычного и понятного корня, как в фамилиях от профессий или крестильных имён. Скорее всего, перед нами пример «переделанной» фамилии, возникшей из-за диалектного произношения или ошибки писаря.

Самая вероятная версия связывает Конофьева с фамилией Кононов. Фамилия Кононов образована от канонического имени Конон (греч. «трудящийся», «работающий»). В русских говорах, особенно в северных и южных, звук «н» перед гласным мог переходить в «ф» под влиянием цоканья или просто как особенность местного выговора. Так Кононов мог превратиться в Конофьев, а потом и в Конофьева. Подобные фонетические сдвиги не редкость: вспомните фамилии Афонасьев (от Афанасий) или Михеев (от Михей) — там тоже работала похожая механика.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит редкое нецерковное прозвище Конофей. В диалектах слово «конофей» могло означать нечто вроде «неуклюжий», «мешковатый» человек, но это значение почти утрачено и не зафиксировано в крупных словарях. Если прозвище и существовало, оно было узколокальным.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Конофьев — сын Конофея (или Конофа). Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда крестьяне и посадские люди массово получали фамилии по имени или прозвищу отца. Таким образом, предок носительницы фамилии скорее всего был простым человеком, крестьянином или ремесленником, которого в документах записали не по святцам, а на слух — так, как произносили в его деревне. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, где цокающие говоры были распространены.