Фамилия Конона — нетипичный случай для русского ономастикона. В отличие от привычных Кононов или Кононенко, эта форма стоит особняком и указывает на иной механизм образования. Скорее всего, перед нами не патроним (фамилия от отца), а прозвищная фамилия, застывшая в краткой, усечённой форме. В её основе лежит каноническое имя Конон (от греческого «конос» — труд, работа, или «конао» — знать, понимать). Но если Кононов означает «сын Конона», то Конона могло быть прямым прозвищем самого человека: его так и звали — Конона, без отчества и без суффикса.

Такая модель встречается в северных и сибирских говорах, где фамилии на -а иногда образовывались от обиходных, уличных имён: например, Мороза, Буяна, Конона. В этом случае фамилия не говорит о родстве, а фиксирует личное прозвище или даже имя, которое человек носил в быту. Вероятно, предок носителя фамилии Конона был крестьянином или посадским человеком, которого в документах записали не по отцу, а по собственному имени — так, как его знали односельчане.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия принадлежит к украинскому или белорусскому типу на -а, где ударное окончание могло закрепиться из-за особенностей местного произношения. В этих языках фамилии вроде Конона, Гончара, Коваля не редкость, но там они обычно склоняются как существительные мужского рода. Если предки носителя родом из юго-западных губерний, фамилия могла возникнуть как сокращение от Кононенко: в документах XIX века писарь мог отбросить суффикс, оставив только основу.

География фамилии узкая: она встречается в основном в Курской, Орловской областях и на Кубани. В центральной России носители Конона — редкость. Интересно, что в дореволюционных списках эта фамилия могла писаться с двумя «н» — Кононна, что сближало её с латинским «conon» (канон, правило), но это, скорее всего, случайная описка, а не осмысленное изменение.

Однокоренные фамилии — Кононов, Кононенко, Кононович — распространены несравнимо шире. Конона же остаётся локальным вариантом, который не «обрусел» до стандартного патронима. Для историка фамилий это ценный пример того, как имя могло стать фамилией без посредников — напрямую, без суффиксов и окончаний, просто по тому, как человека называли в жизни.