Фамилия Конофольский — один из тех случаев, когда написание сильно изменило первоначальный смысл. Скорее всего, это фонетический вариант фамилии Коновальский, который прошёл цепочку изменений: Конофольский < Конофальский < Коновальский. В основе лежит прозвище Коновал, которое в Древней Руси обозначало человека, лечащего лошадей. Глагол «валять» тогда имел значение «лечить», поэтому коновал — это, по сути, ветеринар.

Фамилия образована по типичной модели: прозвище плюс суффикс -ский, который изначально указывал на принадлежность к местности или роду. Здесь он работает как притяжательный: «сын Конофала» или «из рода Конофалов». Встречается и прямое родственное именование: в исторических документах конца XIX века упоминается Конофальский Станислав Николаевич — поляк, родившийся в 1897 году в Варшавской области. Эта запись подтверждает, что фамилия бытовала на западных территориях, где переход «л» в «ф» (Коновал > Конофал) встречался чаще, чем в центральных говорах.

Написание через «ф» могло закрепиться из-за особенностей произношения в польской или белорусской языковой среде, где звук «в» перед глухими согласными оглушается. Так прозвище Конофол (от «коновал») легло в основу фамилии, и потомок человека, занимавшегося лечением коней, со временем стал писаться как Конофольский.