Фамилия Конофолова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах раньше или наравне с мужской. В основе лежит прозвище или мирское имя Конофол, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Конофолов, то есть сын или потомок Конофола. Женское окончание -а в данном контексте либо принадлежит носительнице (жене или дочери Конофолова), либо отражает старую традицию записывать фамилию в женском роде, если хозяйкой двора была вдова.

Самая вероятная версия происхождения прозвища — от диалектного слова «конофол» или «конофоль». В северных и сибирских говорах так называли коноплю, а также человека, который занимался её обработкой или торговлей. Сравните с фамилиями Коноплёв, Коноплин — все они из одного семантического гнезда, но «Конофолова» сохранила более архаичное произношение с утратой «п» в середине (конофол вместо конопол). Это типичная черта северных и вологодских говоров, где «конопля» звучала как «конофля», а занятый ею человек — «конофол».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с греческим именем Конон (от греч. «трудящийся», «деятельный»). В русской традиции имя Конон давалось при крещении, но в быту могло перейти в уменьшительную форму Конофол через народное переосмысление. Однако для такого перехода нет устойчивых параллелей, и версия с коноплёй выглядит убедительнее: она объясняет и диалектную фонетику, и род занятий.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Конофоловы относились к крестьянскому или посадскому сословию. Прозвище по роду деятельности (коноплевод, трепальщик конопли) — одна из самых частых моделей образования русских фамилий в XVI–XVII веках. Фамилия встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает её северное происхождение. Встречаются варианты написания с одной «ф» — Конофолов, что связано с особенностями записи в метрических книгах XIX века.