Фамилия Конофалов — один из тех случаев, когда написание уводит в сторону от очевидной, но неверной догадки. На слух её легко принять за вариант фамилии «Кононов» (от имени Конон) с необычным суффиксом, но это не так. Корень здесь другой: Конофалов — это русская переделка греческого имени Конофай (Konophaios), которое в народной речи превратилось в Конофал. Само греческое имя сложное: оно восходит к словам «конус» (шишка, сосновая шишка) и «файос» (светлый, блестящий). Вряд ли крестьяне или посадские люди XVII века разбирались в античной этимологии — для них Конофал звучало как простое прозвище.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий по отчеству: Конофалов сын, то есть потомок человека по имени или прозвищу Конофал. Такие фамилии закрепились в центральных и южных губерниях России, особенно там, где в XVI–XVII веках селили выходцев из южнославянских земель или греков. Встречается она реже, чем Кононов или Кононенко, и не имеет отношения к коню или коновалу — это случайное звуковое совпадение.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия Конофалов отнесена к группе «календарных» имён, но с заметкой о редкой форме. Если ваш предок носил такую фамилию, он, скорее всего, происходил из среды крестьян или однодворцев, где имя Конофал передавалось по мужской линии как личное, пока не превратилось в фамилию. Географически фамилия тяготеет к Курской, Воронежской и Тамбовской областям — там переписи XIX века фиксируют носителей с этим корнем.

Спорных версий у фамилии почти нет: изредка её путают с Коноваловым, но это разные корни. Конофалов — редкий пример, когда церковное имя не прижилось в полной форме, а дало народный вариант, который и стал фамилией.