Фамилия Кономанина — редкий случай, когда географический след в основе оказывается едва ли не единственной зацепкой. Она явно образована от прозвища или имени Кономан с помощью стандартного русского суффикса принадлежности -ин, указывающего на «сына» или «жену»: Кономанин → Кономанина. В современных документах встречается в основном в женском роде, но исходная мужская форма — Кономанин.

Корень «Кономан» звучит не по-русски. Самое вероятное объяснение — это прозвище, данное выходцу из финно-угорских земель, где слово «конома» могло означать что-то вроде «хозяин», «домовладелец» или «зажиточный крестьянин». В коми-зырянском языке есть слово «коньöма» — «бережливый, хозяйственный», а в карельских говорах «konoma» — «крепкий, справный». Прозвище Кономан могли дать человеку пришлому, но осевшему в русской среде, или, наоборот, русскому, перенявшему обычаи соседей.

Менее убедительна версия, выводящая фамилию из тюркского «kon» (ночлег, привал) с суффиксом -ман: тогда Кономан — «кочевник, тот, кто ставит шатёр». Но для фамилии с русским суффиксом -ин такая основа нетипична, к тому же в тюркских языках чаще встречается форма «Кономан» как личное имя, а не прозвище.

Фамилия Кономанин не попала в основные своды русских фамилий (Унбегаун, Никонов) — это указывает на её локальный характер. Скорее всего, она бытовала в северных или северо-восточных губерниях, где русские контактировали с коми и карелами: Вологодской, Вятской, Архангельской. Носители фамилии могли быть крестьянами-старожилами, получившими прозвище по своему достатку или хозяйственному укладу, а не по ремеслу.

Встречается и вариант написания «Канаманина» — это, вероятно, описка или следствие акающего произношения. Но безударное «о» в корне «Кономан» устойчиво, и исходная форма именно с «о». Фамилия настолько редкая, что сегодня её можно встретить буквально у нескольких семей, и каждая из них — потомок одного-двух родоначальников с северных окраин.