Фамилия Кономаева — женская форма, мужская — Кономаев. В основе лежит прозвище или мирское имя, и здесь сразу возникает несколько версий, и ни одна из них не является очевидной.

Самый прямой путь — разобрать слово «Кономай». Оно могло быть образовано от глагола «конать» (в диалектах — «бить», «колотить», «ударять») или от «коновалить» (лечить лошадей). Если так, то Кономай — это либо прозвище драчуна, забияки, либо, что правдоподобнее, сокращение от «коновал». В русских говорах слово «коновал» (ветеринар-самоучка) было широко распространено, а фамилии от него встречаются нередко (Коновалов). Кономаев могло возникнуть как усечённая, «обрубленная» форма: Коновал → Кономай → Кономаев. Такое упрощение характерно для живой речи, особенно в условиях, когда прозвище звучало часто и быстро.

Вторая версия отсылает к тюркским корням. В татарском и башкирском языках есть слово «кон» (кровь, а также родня, племя) и «омай» (счастье, удача). Сложносоставное имя Конамай могло означать «кровное счастье» или «счастье рода». Такие имена встречались у поволжских татар и башкир, а фамилии на -ев типичны для русифицированных тюркских родов. Географически фамилия Кономаева тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где русское и тюркское население веками жило рядом.

Третья, менее вероятная версия — от календарного имени. В святцах есть редкое имя Конон (от греческого «конос» — конус, шишка). В народной речи его могли переделать в Кономай, как Галактион превращался в Лакиона. Но это спорно: суффикс -май нехарактерен для русской адаптации греческих имён.

Фамилия редкая. По открытым данным, её носители в основном встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это подтверждает связь с тюркской или смешанной средой. Встречается также вариант написания Канамаева — с буквой «а» в первом слоге, что может указывать на диалектное произношение или описку в документах.