Фамилия Кономаев — одна из тех русских фамилий, чья основа не лежит на поверхности. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать слово по косточкам.

В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Кономай. Этот корень — тюркского происхождения. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «кон» (qon) означает «ночлег», «стоянка», «привал», а «май» (may) — «масло», «жир», «богатство». Сложив их, получаем значение вроде «богатый ночлег» или «жирная стоянка». Так могли прозвать человека, который держал постоялый двор, принимал путников или был гостеприимным хозяином, у которого всегда сытно кормили. Вторая версия, менее распространённая, связывает «Кономай» с диалектным русским словом «кономать» — говорить невнятно, бормотать, мямлить. В этом случае прозвище дали неразговорчивому или косноязычному человеку.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от основ на мягкий согласный или на -й: Кономай → сын Кономая → Кономаев. То есть фамилия буквально значит «принадлежащий Кономаю», «из рода Кономая».

География фамилии узкая. Основной ареал — Оренбургская область, Башкортостан и Татарстан. Это полностью совпадает с тюркской версией происхождения: в этих регионах русское население веками жило бок о бок с тюрками, перенимая бытовые слова и прозвища. Встречаемость фамилии за пределами этих мест — редкость, что подтверждает её локальный характер.

С социальной точки зрения, предки Кономаевых, скорее всего, были либо крестьянами, либо мещанами. Фамилии на -ев с тюркскими корнями в Поволжье и Приуралье — обычное дело, они не говорят о дворянском происхождении. Дворянские роды с такой фамилией в «Общем гербовнике» не значатся.

Таким образом, Кономаев — это фамилия-прозвище, возникшая в зоне русско-тюркского пограничья, и её носители, вероятнее всего, потомки людей, державших постоялый двор или отличавшихся особой хлебосольностью.