Фамилия Конотуненко — яркий пример того, как украинская фамилия может быть построена по польской или белорусской модели. В ней необычно сочетаются сразу два суффикса: уменьшительно-ласкательный -ут- (как в словах «мамутка», «бабуся») и патронимический -енко, который в украинском языке означает «сын» или «потомок». Такая двойная суффиксация — редкость: она говорит о том, что основой для фамилии послужило не имя, а уже существовавшее прозвище или уменьшительная форма имени.

Корень фамилии — Конот- — восходит к каноническому имени Конон (от греческого konon — «трудящийся», «работающий»). В народной речи имя приобрело множество производных форм: Кононко, Конотко, Конотун. Именно от формы Конотун (украинский вариант с уменьшительным суффиксом -ун) и пошла фамилия: Конотун + -енко = Конотуненко, то есть «сын Конотуна» или «потомок маленького Конона».

Географически фамилия привязана к центральным и северным областям Украины, особенно к Черниговщине и Полтавщине. Там имя Конон было широко распространено среди крестьян и казаков. В реестрах Запорожского войска XVII века встречаются казаки с именем Конон, а их потомки, обзаводясь фамилиями, часто добавляли суффикс -енко, который в то время был главным показателем принадлежности к роду.

Особенность фамилии Конотуненко в том, что она обошлась без типичного для украинских фамилий суффикса -ов/-ев. Если бы предка звали просто Конон, его сын стал бы Кононенко. Но у Конотуненко в основе — уже переработанное, «обкатанное» в быту прозвище Конотун, что делает фамилию более живой и разговорной. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Конотуненко, но оба они означают одно и то же: потомок того, кого в семье называли ласково Конотуном.